A madocsai református templom tornyának alsó szintjei középkoriak. Ez az alsó né-hány szint gondosan faragott, jó minőségû kváderkövekbõl áll. A torony egykor négyzet alaprajzú lehetett, mintegy 5, 5 m-es oldalakkal, de a református templom építésekor a hajót ívesen csatlakoztatták a toronyhoz. A torony falsíkjainak a tájolása jelentősen el-tér a fő égtájaktól, a keleti falsík mintegy 22 fokkal (-22°) az északi irány felé hajlik. A lábazati vakolatréteg mintegy egy méteres leverésével a kváderkövek is megfigyel-hetővé váltak. A falazat anyaga főleg fehér mészkő, de szürkés kő is sok található, sőt egy hatalmas hússzínű, a rómaiak által kedvelt mészkőtömb is be van építve a nyugati oldalba. A kövek különböző méretűek. A torony falában szinte hézagmentesen illesz-kednek, a hajó falában a másodlagosan beépített kövek közt már nagyobb vakolathé-zagok is akadnak. A torony falába az északi oldalon a református templom építésekor ajtót vágtak.
A lábazat tanúsága szerint a református templom falaihoz is felhasználták a románkori köveket. A templom környékén található felszíni formák alapján valószínű, hogy a to-rony a kéttornyú apátság északi tornya lehetett. A középkori templom hajója a mai templom mögötti házsor felé nyúlt. Itt a hatvanas években vízvezeték ásása során kö-zépkori sírt találtak. A toronytól északra, a mai akácos téren állhatott a falu kisebb temploma, aminek romjait még Rómer Flóris is látta a 19.sz végén. A másodlagosan be-épített kövek közt a toronytól balra, közvetlenül a földfelszín felett találunk egy palmet-tás motívumot tartalmazót, ami stílusában a XII. századi pécsi és fehérvári építkezé-sekhez köthető. A faragott kő nyilvánvalóan egy befejezetlen díszítőfaragvány töre-déke.
A románkori apátsági templomot a Bikács (Bikácsi Magnus királyi főtárnokmester) nemzetség alapítja 1145-ben a bencés rend számára, tehát egy nagyon korai nemzet-ségi monostorról van szó. Az akkori Madocsa jelentősége Esztergomhoz és Kalocsához volt mérhető.
A templom Szt. Miklósnak volt szentelve. Jelentőségét mutatja, hogy 1225-ben a pápa a bencés rendi káptalan tartására jelöli ki, II. Géza maga is megajándékozta az apátsá-got. A Bikács nemzettség Károly Róbert alatt kegyvesztett lett, de egyik tagja, Fodor Miklós fia, Farkas visszakapja a jogokat Nagy Lajostól. A XIV. században a maróti her-cegek a kegyurai, majd a XV. század elején Máté, machoviai herceg. 1422-ben a falu és az apátság a Paksi család birtokába kerül. Ekkor már erősen hanyatlik a kolostori élet, és a kolostor is rossz állapotba kerül. Ezen György apát kísérel meg változtatásokat, kezdeményezésére a pápa kiveszi a pécsi püspök fennhatósága alól a kolostort, és közvetlenül Esztergom alá rendeli.
1425 körül elnéptelenedett a falu és a kolostor is. 1453-ban az elveszett javak vissza-szerzését kísérli meg Fóris apát, ezért újrairatja az adományleveleket. 1464-ben II. Pius pápa ismét kivonja a pécsi püspök fennhatósága alól a kolostort, és közvetlenül Esz-tergom alá rendeli. 1474-bõl IV. Sixtus pápa a madocsai apátságot Maróthi Máté macsói bán, mint védúr ajánlatára, Gyivolai Gergely váradi presbiterkanonoknak adományozza tíz évre, hogy a György apát halála óta elhanyagolt monostor épületeit, melyet szerze-tesei elhagytak az apátság 40 aranyforintnyi jövedelméből kijavítsa.
1487-ben olasz apátot kap a kolostor Fra Zoan Antonio Cattaneo személyében, aki a királyi könyvek miniátora volt. Ezt követően a domonkos rend átveszi a kolostort a bencésektől. Az átvétel azonban csak ideiglenes lehetett, mert 1515-ben már ismét Pannonhalma alá tartozik, ekkor János nevű apátja kap értesítést a bátai apát lemon-dásáról. A hagyomány szerint 1560-ban lett a lakosság református. A törökök kiűzésük elött felgyújtották a templomot, de ezután az apátságnak még tekintélyes romjai áll-nak. Bohus, pécsi kanok 1721-es vizitációja szerint "faragott kőből gyönyörű szép olasz stylben építve" áll még a templom, amit Tolna megye legszebb templomának tart. A templom két tornyát a pécsi székesegyházhoz tartja hasonlatosnak, és külön meg-emlékszik a tornyokat összekötő merész bolthajtás alakos szobrairól, és a "virágokkal cifrázott ablakművekről". (A kettős torony létét igazolja egy régi pecsét is, melyet a Református Egyházközség ismét használ.)
Ez a leírás nyilván egy gótikus átépítésre is utal. A templomhoz csatlakozó kolostor romjai is álltak még ekkor. Ennek kövein állítólag "görög" feliratokat találtak, és a kövek másodlagos felhasználásúaknak tűntek. (Érdemes emlékezni rá, hogy korábbi birto-kosának a veszprémvölgyi apátságnak alapító okirata még Szt. István idejéből szintén görög nyelven íródott.) A templomhoz közel egy kápolna volt, amit a reformátusok használtak. Ezt még Rómer Flóris is látta a XIX. század végén, és falképeit is meg-említette. Evangélista szimbólumokat fedezett fel a kápolnában.
Az apátság pusztulását is ismerjük. Köveiből épült meg a bölcskei katolikus templom és a paplak 1796-ban. Hőke Lajos a XIX. század végén még látott Bölcskén olyan ma-docsai sírkövet, amin "Tótország" címerét is felismerte. A bölcskei plébánia falában látható kő viszont rómainak, és nem középkorinak tűnik. A mai madocsai református templom 1803-06 közt épült, egy korábbi szerényebb templom helyén, ami már nyilván felhasználta az apátság romjait. A helyi hagyomány tudni vélni, hogy a középkori templom a mainál kisebb volt, a templom vége nagyjából a mai úrasztalnál volt. A templom tájolását figyelembe véve elképzelhető, hogy az egykori kolostor épületmaradványait találták meg egykor ezen a helyen.